Dirección de Evidencia y Manejo de Riesgos Sanitarios
Instrumentar acciones para identificar y evaluar los riesgos sanitarios de la población, proponiendo alternativas para su manejo, así como, aplicando y difundiendo las medidas de prevención y correctivas de índole regulatorio y no regulatorio, en los términos de las disposiciones sanitarias aplicables.

Dirección de Operación Sanitaria
Dirigir la operación de los programas de vigilancia sanitaria de los prestadores de servicios públicos y privados, así como de fomento sanitario con base en la normatividad vigente, a fin de contribuir a la disminución de los riesgos y daños a la salud.

Dirección de Evaluación y Autorización Sanitaria
Coordinar las estrategias y acciones para el ejercicio del control sanitario, a través de la expedición de autorizaciones sanitarias: permisos, licencias, constancias y avisos, relativo a servicios e insumos para la salud, importaciones, exportaciones y otros servicios sujetos a regulación, así como la vigilancia sanitaria de la publicidad a fin de reducir riesgos a la salud de la población.

Dirección de Sanidad Internacional
Dirigir la operación de los programas y servicios de sanidad internacional terrestre, marítima y aérea con apego a la Ley General de Salud y Reglamento Sanitario Internacional a fin de proteger a la población contra los riesgos sanitarios generados por la entrada de personas, bienes y productos al país.