El 5 de Julio de 2001, fue creada la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios (COFEPRIS) que estableció la organización y funcionamiento de un órgano administrativo desconcentrado de la Secretaría de Salud, con autonomía técnica, administrativa y operativa, responsable del ejercicio de las atribuciones en materia de regulación, control y fomento sanitarios en los términos de la Ley General de Salud y demás disposiciones aplicables.

Dadas las diferentes dimensiones, niveles de desarrollo de nuestro país y problemática particular en materia de riesgos sanitarios, se consideró que era necesario que el ejercicio de algunas de las atribuciones en la materia se distribuyeran hacia los gobiernos de las entidades federativas de acuerdo con sus capacidades y recursos, mediante la suscripción, en un marco de respeto a las atribuciones de los diferentes órdenes de gobierno, de Acuerdos Específicos de Coordinación para el Ejercicio de Facultades en Materia de Control y Fomento Sanitario.

Tamaulipas, es la quinta de 15 Entidades Federativas en transformar la entonces llamada “Dirección de Regulación y Fomento Sanitario” en “Comisión Estatal para la Protección contra Riesgos Sanitarios” mediante la publicación en el Periódico Oficial del Estado número 146 del 07 de Diciembre de 2005, su Decreto de Creación, como un órgano desconcentrado de la Secretaría de Salud con autonomía técnica, administrativa y operativa, tanto para el manejo de los recursos humanos, materiales y financieros, como para la ejecución de los programas de protección contra riesgos sanitarios a su cargo.

Posteriormente con la finalidad de contar con instituciones acordes a las necesidades de la población, se actualizó la estructura, funciones y facultades en los ámbitos de competencia de esta Comisión Estatal, como un órgano desconcentrado de la Secretaría de Salud con autonomía técnica y de gestión.

Su objeto, el ejercicio de las atribuciones en materia de control, vigilancia y fomento sanitario que corresponden a la Secretaría de Salud del Estado conforme a la legislación sanitaria vigente.