1. Secretaría de Desarrollo Rural, Pesca y Acuacultura.
2. Subsecretaría de Desarrollo Agrícola.
2.1. Dirección de Agricultura.
2.1.1. Departamento de Fomento Agrícola.
2.1.2. Departamento de Sanidad Vegetal e Inocuidad.
2.2 Dirección de Extensionismo Agrícola.
2.2.1. Departamento de Extensionismo Agrícola.
2.2.2. Departamento de Investigación y Transferencia Tecnológica.
2.3. Dirección de Apoyo a Distritos de Riego.
2.3.1. Departamento de Operación Distrital.
2.3.2. Departamento de Distritos de Riego, Unidades de Riego y Temporal.
3. Subsecretaría de Desarrollo Pecuario y Forestal.
3.1. Dirección de Fomento Forestal.
3.1.1. Departamento de Producción Forestal.
3.1.2. Departamento de Prevención y Conservación.
3.2. Dirección de Fomento Pecuario.
3.2.1. Departamento de Fomento, Identificación y Trazabilidad Pecuaria.
3.2.2. Departamento de Salud Animal e Inocuidad.
3.3. Dirección de Extensionismo Pecuario y Forestal.
3.3.1. Departamento de Investigación y Transferencia Tecnológica.
3.3.2. Departamento de Desarrollo de Extensionismo Pecuario.
4. Subsecretaria de Pesca y Acuacultura.
4.1. Dirección de Pesca y Acuacultura.
4.1.1. Departamento de Pesca.
4.1.2. Departamento de Acuacultura.
4.1.3. Departamento de Sanidad Pesquero y Acuícola e Inocuidad.
4.1.4. Departamento de Ordenamiento Pesquero y Acuícola.
4.2. Dirección de Desarrollo Sustentable y Proyectos Pesqueros y Acuícolas.
4.2.1. Subdirección de Fomento Pesquero y Acuícola.
4.2.1.1. Departamento de Investigación.
4.2.1.2. Departamento de Proyectos Pesqueros y Acuícolas.
4.2.1.3. Departamento de Atención Pesquero y Acuícola.
4.2.1.4. Departamento de Enlace Pesquero y Acuícola.
4.3. Dirección de Extensionismo Pesquero y Acuícola.
4.3.1. Departamento de Impacto Pesquero y Acuícola.
4.3.2. Departamento de Dragado.
4.4. Dirección de Infraestructura Pesquera y Acuícola.
4.4.1. Departamento de Desarrollo Tecnológico y Difusión.
4.4.2. Departamento de Administración de centros Pesqueros y Acuícolas.
5. Dirección Administrativa.
5.1. Departamento de Recursos Financieros.
5. 2. Departamento de Recursos Humanos.
5. 3. Departamento de Recursos Materiales y Servicios Generales.

6. Dirección Jurídica y de Transparencia.
6.1.1. Subdirección de Apoyo Jurídico.
6.1. 2.Subdirección de Transparencia.
6.1.2.1. Departamento de Cumplimiento y Observación a la Normatividad.
7. Dirección de Comunicación Social.
8. Dirección de Evaluación y Estadística.
8.1. Departamento de Seguimiento.
9. Dirección de Análisis y Orientación.
10. Dirección de Vinculación Institucional.
11. Coordinación Técnica.
11.1. Dirección Financiera.
11.1.1. Departamento de Fideicomisos.
11.1.2. Departamento de Convenios.
11.2. Dirección Técnica.
11.2.1. Departamento de Planeación.
11.2.2. Departamento de Seguimiento de Proyectos y Mercados.
11.2.3. Departamento de Proyectos Estratégicos.
11.3. Dirección de Desarrollo Rural y PYMES.
11.3.1. Departamento de Zona Norte.
11.3.2. Departamento de Zona Sur.
11.4. Dirección de Agronegocios y Comercialización.
11.4.1. Departamento de Agronegocios.
11.4.2. Departamento de Comercialización y Desarrollo de Productos.
11.5. Dirección de Seguimiento de Programas.
11.5.1. Departamento de Evaluación.
11.5.2. Departamento de Programas.
12. Secretaría Particular.
12.1. Departamento de Atención Ciudadana.
12.2. Departamento de Documentos y Archivos.
12.3. Departamento de Eventos Especiales.