La Junta Directiva es el órgano de gobierno del Instituto y es quien aprueba o modifica, el Programa Institucional del Organismo y está conformada por el Secretario de Educación, quien funge como Presidente. Además por cuatro integrantes que son: el Secretario de Finanzas, el Secretario de Desarrollo Económico y Turismo, el Secretario de Desarrollo Social y el Presidente del consejo Consultivo del Instituto de Becas, Estímulos y Créditos Educativos, este ultimo participará solo con voz pero sin voto en las reuniones de la junta Directiva.

Las sesiones se realizan por lo menos 3 veces al año de manera ordinaria y de forma extraordinaria cuando su presidente estime conveniente.